GİRİŞ

COVID-19’un kesin tanısı, solunum yolu örneklerinde gerçek zamanlı revers-transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR) ile SARS-CoV-2 RNA’sının araştırılması sonucu konulmaktadır; rRT-PCR’da RdRp, ORF1, S, N, E gen bölgeleri hedeflenmektedir. Hastalığın başlangıç evresinde nazofarinks ve orafarinks sürüntü örnekleri tercih edilirken ileri evrelerinde alt solunum yolu örnekleri tercih edilmektedir (1).

Gerçek zamanlı revers-transkriptaz PCR döngü eşik (cycle threshold – Ct) değeri, viral RNA’nın saptanabilir bir seviyeye ulaşması için gereken döngü sayısını ifade eder. Ct değeri viral yük ve SARS-CoV-2’nin in vitro büyüme yeteneği ile ters orantılıdır (2). Ct değerindeki her birim artışının, virusun izolasyon olasılığını %33 azalttığı; Ct değeri >35 olduğunda ise virus izolasyon oranının %8 olduğu gösterilmiştir (3). Yapılan bir çalışmada, Ct değeri 13-17 olan örneklerde in vitro kültürde üreme saptanırken; Ct değeri >33 olduğunda üremenin %12 azaldığı gösterilmiştir (4). Ct değeri; hastalığın şiddetini ve ilerlemesini tahmin etmek, bulaştırıcılığını belirlemek ve aktif viral replikasyonunu uzun süreli virus saçılımından ayırt etmek için kullanılmıştır (2).

COVID-19 hastalarında hastalığın ciddiyetini tahmin etmede C-reaktif protein (CRP), ferritin ve PCT kullanılabilmektedir. Kritik hastalarda CRP, ferritin ve PCT değerlerinin ayaktan hastalara göre daha yüksek seviyede olduğu gösterilmiştir (5). Ayrıca düşük albümin ve yüksek laktat dehidrogenaz (LDH) seviyeleri de kötü prognoz göstergesi olarak kabul edilmektedir (6). Ayrıca COVID-19’a eşlik eden başka bir kronik hastalığın olması da kötü prognoz göstergesidir. Diabetes mellitus (DM) ve hipertansiyon (HT)’un da COVID-19’a eşlik ettiği takdirde mortaliteyi artırabildiği gösterilmiştir (7).

Bu çalışmada, COVID-19 hastalarında rRT-PCR Ct değeri ile klinik
seyir, mortalite ve laboratuvar parametrelerinin ilişkisinin değerlendirilmesi amaçlandı.

YÖNTEMLER

Çalışma kapsamında, 01 Temmuz – 01 Ağustos 2020 tarihleri arasında SARS-CoV-2 rRT-PCR testi yapılan hastalar retrospektif olarak tarandı ve test sonucu pozitif olanlar çalışmaya dahil edildi. İleri tetkik ve tedavi için başka merkeze sevk edilen, başka bir nedenden dolayı hastanede yatmakta iken SARS-CoV-2 rRT-PCR test sonucu pozitif çıkan ve COVID-19 tanısı ile serviste yatmakta iken yoğun bakıma alınan hastalar çalışma dışı bırakıldı. İlk başvuruda yoğun bakıma alınan hastalar yoğun bakım hasta grubu olarak değerlendirildi. Çalışmaya dâhil edilen hastalar; ayaktan, servis ve yoğun bakımda tedavi görenler olarak gruplandırıldı. Ayaktan tedavi gören hastaların hastaneye ilk başvurularında yapılan rRT-PCR testi Ct değerleri kullanıldı; yatarak tedavi gören hastalarda ise servis ya da yoğun bakım yatışının ilk 24 saatindeki değerler kullanıldı. Hastaların; yaş, cinsiyet, hastane yatış süresi, sağkalım ve komorbid hastalık durumu hastane bilgi siteminden elde edildi. Altta yatan hastalıklar; HT, DM, kardiyovasküler hastalıklar, respiratuar sistem hastalıkları, maligniteler ve santral sinir sistemi hastalıkları olarak altı gruba ayrıldı. Ayrıca yatarak tedavi gören hastaların hastaneye yatıştan sonraki ilk 24 saatte ölçülen CRP, ferritin, albümin, LDH, PCT ve demir değerleri de retrospektif olarak tarandı. Hastaların Ct değerleri bakılan her parametre ile ayrı ayrı kıyaslandı.

COVID-19 laboratuvar tanısı; viral transport besiyeri ya da viral nükleik asit tamponu (vNAT) içeren tüplere alınan nazofarengeal ve orofarengeal sürüntü örneklerinden, vNAT solüsyonu ile izole edilen viral RNA’ların rRT-PCR testi ile yapılmıştı. Testlerde, Bio-speedy SARS-CoV-2 rRT-PCR kitleri (Bioeksen, Türkiye) ve “CFX96 Touch Real-Time PCR Detection System” (Bio-Rad Laboratuvarları, ABD) cihazı kullanılmıştı. SARS-CoV-2 tespitinde, SARS-CoV-2’ye spesifik açık okuma bölgesi (Open Reading Frame – ORF) 1Ab ve N (nucleocapsid) genleri ile internal kontrol olarak insan RNase P (ribonükleaz P) geni hedefleyen kit kullanılmış olup SARS-CoV-2 gen hedefleri için Ct değerleri <38 olan sonuçlar için pozitif kabul edilmişti. C-reaktif protein, LDH, ferritin, demir, albümin testleri BS-2000 (Mindray, Çin) cihazı ile PCT testi Getein 1600 (Getein Biotech, Çin) cihazı ile serum örneklerinden çalışılmıştı. Söz konusu testlerin karşılaştırılmasında test sonucu olmayan hastalar istatistiksel analize dâhil edilmedi.

Verilerin analizi, SPSS (Statistical Package for the Social Sciences) versiyon 20.0 programı (IBM Corp., Armonk, NY, ABD) ile yapıldı. Grupların normal dağılıma uyumluluğu Shapiro-Wilk testi ile değerlendirildi. Normal dağılım gösteren grupların verilerinin ifadesinde “ortalama±standart sapma”, normal dağılıma uymayan grupların verilerinin ifadesinde ise “medyan [25. yüzdelik-75. yüzdelik]” kullanıldı. Normal dağılıma uyan grupların kantitatif verilerinin karşılaştırmasında Student  t testi kullanıldı. Normal dağılıma uymayan iki grubun kantitatif verilerinin karşılaştırılmasında Mann-Whitney U testi ve ikiden fazla grubun karşılaştırmasında Kruskal-Wallis testi kullanıldı. Kantitatif verilerin korelasyon analizinde Pearson korelasyon testi kullanıldı. Testlerin p değerlerinin 0.05’ten küçük olması durumu istatistiksel olarak anlamlı düzey kabul edildi.

Çalışma için Van Bölge Eğitim ve Araştırma Hastanesi Klinik Araştırmalar Etik Kurulu’ndan 01 Haziran 2022 tarih ve 2022/12-01 karar numarasıyla onay alındı.

BULGULAR

Çalışmaya SARS-CoV-2 rRT-PCR testi pozitif çıkan 1339 hasta dâhil edildi. Hastaların 703 (%52.5)’ü erkek, 636 (%47.5)’sı kadındı. Erkek hastaların Ct medyan değeri 25.64 [22.14-28.9], kadın hastaların ise 25.35 [22.02-28.53] idi. Kadın ve erkek hastaların Ct değeri arasında anlamlı düzeyde fark saptanmadı (p=0.335) (Tablo1). Hastaların yaş medyan değeri 47 [31-61] yıl olarak bulundu. Ct değeri ile yaş arasında korelasyon analizi yapıldı ve anlamlı korelasyon olmadığı tespit edildi (p=0.398).

Tablo 1. Hastaların Cinsiyet ve Tedavi Gördükleri Yere Göre Döngü Eşik Medyan Değerlerinin Karşılaştırılması

Tablo 2. Komorbid Hastalığı Olan Hastalar ile Olmayan Hastaların Döngü Eşik Değerlerinin Karşılaştırılması

Tablo 3. Ct Değeri ile Biyokimyasal Parametreler, Hastane Yatış Süresi ve Yaş Korelasyonu

Hastaların 774 (%58)’ünün ayaktan, 548 (%41)’inin serviste, 17 (%1)’sinin yoğun bakımda tedavi gördüğü tespit edildi. Döngü eşik medyan değeri; ayaktan tedavi gören hastalarda 25.31 [22.00-29.10], serviste 25.27 [22.20-28.44] ve yoğun bakımda 24.44 [22.73-27.68] olarak bulundu. Grupların Ct değerleri istatistiksel olarak karşılaştırıldığında hiçbir grup arasında anlamlı düzeyde fark bulunmadı (p=0.723) (Tablo 1).

Yoğun bakım hastalarının 16 (%94.1)’sı ve servis hastalarının 34 (%5.8)’ü olmak üzere toplam 50 (%3.7) hasta vefat etmişti. Vefat eden hastaların ortalama mortalite günü 11 [6.5-18] olarak bulundu. Vefat eden hastaların Ct medyan değeri 24.18 [21.81-26.26], yaşayan hastaların ise 25.34 [22.1-28.80] idi. Vefat eden hastaların Ct değerleri yaşayan hastalarınkinden anlamlı düzeyde daha düşük saptandı (p=0.019).

Çalışmaya dahil edilen hastaların 306 (%22.8)’sında komorbid hastalık olduğu görüldü; 222 (%16.5)’sinde HT, 80 (%5.9)’inde DM, 47 (%3.5)’sinde respiratuar sistem hastalıkları vardı. Komorbid hastalığı olan hastalar ile olmayan hastaların Ct değerleri karşılaştırıldığında hiçbir grup arasında anlamlı düzeyde fark saptanmadı (p=0.850) (Tablo 2).

Sadece hastane yatışı olan hastalardan laboratuvar tetkiki istenmiş olup tetkik istenenlerin medyan değerleri; CRP için 22.75 [7.37-57.67] mg/lt, ferritin için 135 [64-249] µmol/lt, LDH  için 241.5 [195.25-296.25] Ü/lt, PCT için 0.06 [0.03-0.1] ng/ml, demir için 6 [4-9] µmol/lt ve albümin için 4 [3.7-4.3] g/dl idi. Laboratuvar parametreleri ile Ct değerleri arasında korelasyon analizi yapıldı ve anlamlı bir korelasyon bulunmadı (Tablo 3).

Hastanede yatarak tedavi gören hastaların hastane yatış medyan süresi 5 [3-9] gün olarak hesaplandı ve Ct değeri ile arasında anlamlı bir korelasyon saptanmadı (p=0.797) (Tablo 3).

İRDELEME

Döngü eşik değeri, bir hastalığın şiddetini ve ilerlemesini tahmin etmek, bulaştırıcılığını belirlemek ve aktif viral replikasyonunu uzun süreli virus saçılımından ayırt etmek için kullanılmaktadır. Daha önce yapılan çalışmalarda Ct değeri, hastaların entübe olma riski ve mortalite ile ilişkili bulunmuştur; Ct değeri <25 olan hastalarda entübe olma riskinin 3 kat, mortalite riskinin ise 5-6 kat fazla olduğu bildirilmiştir (8,9). Ancak yapılan farklı çalışmalarda, rRT-PCR Ct değeri ile hastanın kliniğinin arasında bir ilişki olmamasının yanı sıra asemptomatik ve semptomatik hastaların Ct değerleri arasında da anlamlı fark olmadığı gösterilmiştir (10-12). Ayrıca yapılan bir çalışmada da orta derece hastalık ile ciddi hastalık viral yükleri arasında anlamlı fark olmadığı bildirilmiştir (13).

Çalışmamızda vefat eden hastaların Ct değerlerinin yaşayan hastalardan anlamlı düzeyde daha düşük olduğu tespit edildi. Benzer şekilde vefat eden hastaların Ct değerlerinin yaşayan hastalardan anlamlı düzeyde daha düşük olduğunu bildiren başka çalışmalar da mevcuttur (14,15). Ancak bu konu ile ilgili ülkemizde yapılan bir çalışmada Ct değerinin mortalite ile ilişkisi olmadığı tespit edilmiştir (16). Camargo ve arkadaşları (2) da çalışmalarında, vefat eden hastalar ile yaşayan hastaların Ct değerleri arasında anlamlı düzeyde fark olmadığını bildirmiştir.

Çalışmamızda ayaktan hastalar, servis hastaları ve yoğun bakım hastalarının Ct değerleri arasında anlamlı düzeyde fark bulunmadı. Camargo ve arkadaşları (2) ise ayaktan hastaların Ct değerlerini yatan hastalardan anlamlı düzeyde daha yüksek bildirirken, orta ve ciddi hastalığa sahip hastaların Ct değerleri arasında anlamlı düzeyde fark bildirmemiştir. Yapılan bir diğer çalışmada asemptomatik, orta ve ciddi hastalığa sahip hastaların Ct değerleri arasında anlamlı düzeyde fark bulunmamıştır (3). Demir-Önder ve arkadaşları (17) da yoğun bakım ihtiyacı olan hastalar ile olmayan hastaların Ct değerlerini karşılaştırmış ve anlamlı düzeyde fark saptamamıştır. Yine ülkemizde yapılan bir çalışmada hafif-orta klinik seyirli hastalar ile şiddetli seyirli hastalar arasında Ct değerleri açısından anlamlı düzeyde fark olmadığı bildirilmiştir (16). Ancak ülkemizde yapılan bir çalışmada asemptomatik hastaların semptomatik hastalardan daha yüksek Ct değerleri gösterdiği bildirilmiştir (18).

Bir meta-analiz çalışmasına göre komorbid hastalığı bulunan COVID-19 hastalarında hastalığın daha ağır geçtiği bildirilmiştir (19). Yang ve arkadaşları (20) da çalışmalarında, COVID-19 hastalarında en sık eşlik eden komorbid hastalıkları; HT (%21), DM (%9.7) kardiyovasküler hastalıklar (%8.4) ve respiratuar sistem hastalıkları (%1.5) olarak bildirmiştir. Ayrıca aynı çalışmada ağır hastalarda; HT, respiratuar sistem ve kardiyovasküler sistem hastalıklarının daha yüksek oranda görüldüğü bildirilmiştir. Bu da komorbid hastalığı olan hastaların olmayan hastalara göre viral yüklerinin farklı olabileceği fikrini ortaya çıkarmış ve çalışmamızda komorbid hastalık ile Ct değeri ilişkisi incelenmiştir. Çalışmamıza dahil edilen hastaların 306 (%22.8)’sında komorbid hastalık olduğu tespit edildi. Ancak komorbid hastalığı olan hastaların Ct değerleri ile olmayan hastaların Ct değerleri arasında anlamlı fark bulunamadı. Bayram ve arkadaşlarının (21) sağlık çalışanlarını inceledikleri çalışmalarında, çalışmamızla benzer şekilde komorbid hastalık ile Ct değeri arasında anlamlı ilişki bildirilmemiştir (21).

Çalışmamızda Ct değeri ile CRP, LDH, PCT, albümin, ferritin, demir değerleri, yaş ve hastane yatış süresi arasında anlamlı korelasyon bulunmadı. Ancak Ramirez ve arkadaşları (22) Ct değeri ile ferritin, AST ve LDH değerleri arasında anlamlı korelasyon olduğunu bildirmiştir. Liu ve arkadaşları (23) çalışmalarında, CRP değeri ile Ct değeri arasında negatif korelasyon; albümin, nötrofil ve lenfosit oranları ile Ct değerleri arasında ise anlamlı bir korelasyon olduğunu bildirmiştir. Yuan ve arkadaşları (24) ise CRP değeri ile Ct değeri arasında anlamlı bir korelasyon saptamamış ve viral yük ile LDH arasında negatif korelasyon olduğunu bildirmiştir. Söz konusu çalışmanın aksine Geçkil ve arkadaşları (25) tarafından ülkemizde yapılan bir çalışmada, Ct değeri ile CRP, ferritin, lökosit, nötrofil, lenfosit sayısı, nötrofil/lenfosit oranı, albümin ve kalsiyum arasında anlamlı düzeyde ilişki olduğu bildirilmiştir. Demir-Önder ve arkadaşlarının (17) yaptıkları çalışmada ise Ct değeri ile COVID-19 hastalarında kötü prognostik laboratuvar belirteçler olarak kabul edilen nötrofil/lenfosit oranı, CRP, D-dimer ve lenfosit sayısı ve yoğun bakım yatış süresi ve yaş arasında anlamlı korelasyon olmadığı bildirilmiştir.

Çalışmamızın en önemli kısıtlılığı retrospektif ve tek merkezli olmasıdır. Sadece yatarak tedavi gören hastaların laboratuvar parametrelerine bakılabilmesi de Ct değeri ile laboratuvar parametrelerinin ilişkisinin değerlendirilmesi açısından önemli bir kısıtlılık yarattı. Ayrıca rRT-PCR testi Ct değerleri ayaktan hastalar için hastaneye ilk başvuruda, yatarak tedavi gören hastalar içinse yatıştan sonraki ilk 24 saatte tespit edilebildiği için hastaların viral yük değişikliğinin klinik seyir üzerindeki etkisi değerlendirilemedi.

Sonuç olarak; çalışmamızda ayaktan hastaların, servis hastalarının ve yoğun bakım hastalarının Ct değerleri arasında anlamlı düzeyde fark bulunmadı. Ayrıca hastaların hastane yatış süresi, yaş, CRP, LDH, ferritin, PCT, albümin ve demir değerleri ile Ct değeri arasında da anlamlı bir korelasyon tespit edilmedi. Ancak hayatını kaybeden hastaların yaşayan hastalardan daha düşük Ct değerlerine sahip olduğu görüldü. Bu da bize Ct değeri ile mortalite arasında bir ilişki olabileceğini düşündürdü. Ancak literatürde konu ile ilgili farklı sonuçların olması nedeniyle mortaliteyi tahmin etmede, Ct değerinin tek başına kullanması yerine hastanın kliniğini ve laboratuvar verilerini de içeren multifaktöriyel bir yaklaşım daha doğru olacaktır.